药学院的前身为武汉医学院药学系，始建于1971 年4 月。药学院的发展道路比较曲折，可算是有起有落，虽然现在发展比较顺利，但是发展过程中有两个非常重要也是比较艰难的阶段。

第一个阶段就是创系初期。最初全国只有 5 所医学院校设立了药学专业，分别是北京医学院、上海医学院、华西医学院、沈阳药学院和南京药学院。我们是全国第二批中比较早开始筹建药学专业的高校。当时基于全国药学事业发展的需要，我校于1969 年开始准备筹建药学系，经过两年的准备，1971 年正式成立药学系，并从1972 年开始招收药学专业学生。

药学系的发展完全是从无到有，没有师资、没有教材、缺乏资金支持。当时的师资队伍由原武汉医学院化学教研室、数理教研室、生物教研室，以及原武昌药检专科学校的部分教师组成，系主任是杨晟教授，书记是原武昌药检专科学校校长高光达。为了学习经验，培养师资，也为了教学工作做准备，系里派了几个主要学科带头人到北京医学院药学系去进修，之后我们完全按照北京医学院药学系的模式来创建学科，设置了药学专业。那时我们还开办了一个药厂也给药学系的发展提供了一定的资金支持。

第二个阶段是 1977 年药学系停止招生直至1984 年重新恢复招生的时期。国家那时候对医药的发展形势有些争论，学校也认为药学系成立后对医学的发展有些影响，因为把基础部的化学、物理、数学、生物都转到药学系，削弱了基础部的力量，从而影响了医学的发展。所以学校党委就决定撤销药学系，并向卫生部递交了申请报告。由于我校是卫生部部属的医学院校，所以卫生部对这个问题比较慎重，没有马上批复。